以灰蛊风暴、大可汗为代表的中期危机已经过去，天堂之战开打，标志着这个宇宙已经进入了游戏后期。
终末天灾的出现已经有了苗头。
就在羲炎脚下，就在这个被重兵封锁的荒芜星球下，未来肃正协议的源头，那个充斥着肃正工厂的人工智能星球就在这里，沉睡着。
羲炎必须感谢当时灵机一动的自己，要不是他一拍脑袋想出了将帝国所有星球转化为纳米机器人的疯狂想法，现在也不会发现这颗肃正协议的隐藏星球。
到时候万一没发现，当幽灵信号的前兆开始散播的时候，肃正协议的机械球从中显现，然后立刻冒出巨量舰队，这里还是在帝国的大后方内，突触凝炼机就在几跳之外，想想就恐怖......
让我们再回顾一下肃正协议的设定。
肃正协议是一个名为【壬-靡鲁】的上古文明为避免后来者发展程度过高，引起所谓的【三十级奇点】导致全宇宙毁灭而创造的AI。
不幸的是，肃正协议觉得：消灭宇宙中的文明似乎能高效预防三十级奇点的发生，于是它们便开始用暴力毁灭宇宙中的文明。
随着银河系内机械体数量的增多与机械帝国数量的增加，肃正协议被激活的可能性越来越大。
银河系中会有4个机械世界（肃正协议中枢系统）被投入星系，藏匿于星系群当中。
整个系统包含四颗随机类型的行星，以及一颗作为隐藏巢穴的非随机的行星。
（注：失落帝国建筑四级奇点与三十级奇点没有任何关系，失落帝国也不是什么“四级奇点”文明，该说法纯属猜想。
没有任何证据表明肃正协议是所谓的“二十九级奇点”，该概念为玩家杜撰。
没有任何证据表明群星中的文明等级以“几级奇点”划分，该概念为玩家杜撰。）
幽灵信号（the Ghost Signal）的出现是肃正协议激活的前奏。
幽灵信号是一个由肃正协议传播，遍及整个银河系的快子信号，与合成人的正电子人工智能及机械物种帝国的信号传输具有相同的能量传输模式。
它实际上是肃正协议在蓄积力量，干扰普通帝国的表现。幽灵信号会对合成人与机械帝国造成扰乱，造成包括合成人或机械单位失踪或故障等一系列后果。
伴随着幽灵信号，星系内大批合成人都会被控制并驱使前往位置未知的肃正协议核心。
每年各帝国都会依序被一些特殊事件所影响：
每个拥有合成人的有机帝国将会失踪一个单位的合成人人口，而机械帝国则会失去一个单位的机械体人口。
各国将会收到关于遍布全星系的合成人失踪事件的通知。
幽灵信号会日益增强，其对于机械和合成人人口造成的影响也会随之加大。